Buena pregunta Vicente:

Las diferencias principales serían:
1.- Los futuros están en un mercado regulado, los cfds no.
2.- En los futuros no hay préstamos de dinero, por lo que no pagas por dicho préstamo. En un cfd la diferencia de dinero que hay entre el importe de la operación y la garantía, la pone el broker y a final de mes te cobra unos intereses por ese préstamo (si la operación no es intradiaria).
3.- En general las comisiones son más bajas. En mi broker por un contrato de un futuro del SP500 pago 9$ (compra y venta). Por una operación con cfds me cobrarían el equivalente a 50$. Un contrato mini del SP500 equivale a 50 cfds.

La parte dónde gana el cfd es que se pueden utilizar para operaciones de menos importe. Con futuros no se podría operar menos de 50 cfds, por lo que si quieres operar menos te tienes que ir a los cfds.

Espero haberme explicado.